از نظر بسیاری از منابع معتبر مانند انجمن دندان آمریکا (ADA)، مهم‌ترین نکته درباره نخ‌دندان، نحوه استفاده از آن است. اگر نخ‌دندان درست استفاده شود، این‌که پیش یا پس از مسواک زدن باشد، زیاد مهم نیست. یک مطالعه جدید از شماره ماه مه Journal of Periodontology که توسط انجمن پریودنتولوژی آمریکا انجام شده نشان می‌دهد استفاده از نخ دندان پیش از مسواک زدن بهتر است.
در مرحله اول از شرکت‌کنندگان در این مطالعه خواسته شد ابتدا مسواک بزنند و سپس نخ‌دندان استفاده کنند. در مرحله دوم از همین افراد خواسته شد ابتدا نخ‌دندان استفاده کنند و سپس مسواک بزنند. تعداد پلاک‌های باقی‌مانده روی دندان‌ها و دهان به‌طور معناداری در مرحله دوم کمتر بود. پلاک عامل اصلی پوسیدگی دندان و بیماری‌های لثه است. به‌نظر محققین، نخ‌دندان باعث کاهش چسبندگی باکتری‌ها و جرم بین‌دندانی می‌شود و در نتیجه مسواک راحت‌تر آن‌ها را جدا می‌کند.
همچنین در مواردی که ابتدا از نخ‌دندان استفاده می‌شود، ماندگاری فلوراید موجود در خمیردندان در دهان افراد طولانی‌تر می‌شود. فلوراید از عوامل مهم کمک‌کننده به بهداشت دهان و دندان است.
