بر اساس این مقاله از شماره ی ژانویه JAMA Internal Medicine مهارکننده های پمپ پروتون خطر بیماری مزمن کلیوی (CKD) را 20 تا 50 درصد افزایش می دهند. خطر آسیب حاد کلیوی نیز با مصرف این داروها افزایش می یابد. خطرات دیگری که با مصرف این داروها ارتباط دارد عبارت است از عفونت کلستریدیوم دیفیسیل، پنومونی، و شکستگی استخوان. همچنین مهارکننده های پمپ پروتون در صورت مصرف همزمان با کلوپیدوگرل، اثرمهارکننده ی پلاکتی آن را کاهش می دهند.
محققین توصیه می کنند عملکرد کلیه و مقدار منیزیم خون در افرادی که تحت درمان با مهارکننده های پمپ پروتون هستند به طور منظم کنترل شود و در صورت لزوم به جای آن ها از آنتاگونیست های گیرنده ی H2 استفاده کنند. همچنین توصیه می شود برای علائم مبهمی مانند سوزش معده (heartburn) از مهارکننده های پمپ پروتون استفاده نشود.