عفونت‌های قارچی اغلب سطحی بوده و معمولاً توسط پزشک متخصص پوست در مطب با استفاده از لامپ وود تشخیص داده می‌شوند. برای کمک به تشخیص آن‌ها در آزمایشگاه از نمونه تراشه‌های پوست، مو یا ناخن استفاده‌می‌شود. در موارد نادرِ عفونت زیرجلدی و یا منتشر قارچی، آزمایش خون به تشخیص کمک می‌کند. پیش از رایج شدن آزمایش خون، برای تشخیص این عفونت از کشت قارچ استفاده می‌شد که محدودیت اصلی آن نیاز به زمان طولانی برای اعلام نتیجه آزمایش است.
کیت‌های شناسایی پادتن (آنتی‌بادی) ضد برخی عوامل قارچی (هیستوپلاسموزیس، کوکسیدیوئیدومایکوزیس) و همچنین کیت‌های شناسایی پادگن (آنتی ژن) برخی دیگر (کریپتوکوکوزیس، آسپرژیلوزیس، کاندیدوزیس، هیستوپلاسموزیس) تولید شده و این آزمایش‌ها در حال حاضر به تشخیص سریع و درمان به موقع مبتلایان به عفونت‌های خطرناک و مرگبار قارچی کمک شایانی می‌کنند.
اخیراً سازمان غذا و دارو (FDA) روش جدیدی را برای تشخیص سریع عفونت قارچی منتشر، مورد تأیید قرار داده است. این روش موسوم به T2Dx یا T2Candida قادر به تشخیص ۵ گونه شایع قارچ کاندیدا در عرض ۳ تا ۵ ساعت است. فناوری به کار رفته در T2Candida با خرد کردن سلول‌های قارچ، DNA (اسید هسته) را آزاد می‌کند و پس از تکثیر آن، عمل شناسایی را به کمک MRI انجام می‌دهد. حساسیت T2Candida برای تشخیص کاندیدوزیس ۱۰۰% و ویژگی آن تا ۹۶% گزارش شده است.