مرکز کنترل بیماری‌ها از پزشکان خواسته است حتی‌الامکان از درمان شیگلوز با آنتی‌بیوتیک خودداری کنند. اخیراً شیوع موارد شیگلا مقاوم به فلوروکینولون‌ها به طور چشمگیر افزایش یافته است. بنا به توصیه CDC، تجویز آنتی‌بیوتیک برای درمان دیسانتری باسیلی تنها در موارد ضرورت بالینی—مانند مبتلایان به نقص ایمنی یا بیماری شدید—و یا اپیدمی شیگلوز مجاز است.
در صورت شک به شیگلوز، پزشک باید کشت مدفوع و آنتی‌بیوگرام درخواست کند. اگر تجویز آنتی‌بیوتیک اندیکاسیون داشته باشد ولی حداقل غلظت مهارکننده سیپروفلوکساسین µg/mL 0.12 یا بالاتر باشد، تجویز فلوروکینولون‌ها ممنوع است و تجویز آنتی‌بیوتیک مناسب باید با مشورت با آزمایشگاه میکروب‌شناسی بالینی و متخصص بیماری‌های عفونی انجام شود.
در مواردی که علائم بیماری پس از تجویز آنتی‌بیوتیک ادامه یافته یا تشدید شود، کشت مدفوع باید تکرار شود. مرکز کنترل بیماری‌ها در حال بررسی این موضوع است که تجویز سیپروفلوکساسین احتمالاً مدت بیماری یا شدت علائم شیگلوز مقاوم به کینولون را افزایش می‌دهد.