علائم آنفلوانزا در زنان باردار شدیدتر بوده و ممکن است با بستری شدن در بیمارستان، تهدید جان مادر، زایمان زودرس یا سقط همراه باشد. به همین دلیل، تزریق واکسن آنفلوانزا در زنان باردار اهمیت ویژه دارد. مطالعه‌ای که در شماره سپتامبر مجله Vaccine منتشر شده نشان می‌دهد تزریق واکسن آنفلوانزا در سه‌ماهه اول بارداری ممکن است با سقط ارتباط داشته باشد. مطالعات پیشین توسط همین محققین، خلاف این قضیه را ثابت کرده بود و نشان می‌داد تزریق واکسن آنفلوانزا هیچ ارتباطی با سقط ندارد. تفاوت اصلی مطالعات قبلی با مطالعه جدید این است که واکسن جدید پس از پاندمی آنفلوانزای H1N1 در سال 2009 تولید شده است.
سقط در سه‌ماهه اول بارداری بسیار شایع است. بسیاری از زنان حتی پیش از این‌که متوجه بارداری خود شده باشند، آن را سقط می‌کنند. کالج متخصصین زنان و زایمان آمریکا (ACOG) در ماه سپتامبر و پس از انتشار نتایج پژوهش فوق اعلام کرد تزریق واکسن آنفلوانزا یکی از اجزای ضروری مراقبت‌های پره‌ناتال است و با توجه به منع تزریق واکسن در اطفال زیر 6 ماه، بهترین روش حفاظت از مادر و کودک محسوب می‌شود. بارداری جزو موارد منع واکسیناسیون آنفلوانزا نیست.